，频率的选择，超声清洗机的频率从28 kHz 到 120kHz 之间，应该使用水或者是水清洗剂，这样由空穴作用引起的物理清洗力显然会对低频有利。但是一般情况下我们会使用 28-40kHz 左右，因为对产品的狭缝、小间隙、深孔的零件清洗会比较好用，如果用40kHz 以上高频情况会更好。若用宽带调频清洗，那么效果将达到较好的水平。
第二，功率的选择 ，超声波清洗机的效果不一定要与功率成正比，可能有时的用小功率，花费的时间很长但是也没有清除干净污垢。如果功率达到一定的数值，可能将会很快的将污垢去除。若选择的功率太大，空化强度会大大的增加，这样清洗效果是提高了，但精密的零件会产生蚀点，这样就得不偿失了。如果采用三氯乙烯等有机溶剂时，基本上就没有问题了，采用水或者是水溶性清洗液，容易受到水点的腐蚀，要是振动的板表面受到伤痕，强功率下水底产生的空化腐蚀将更严重，所以要按实际使用情况选择超声功率。
第三，清洗液温度的选择， 超声波清洗机厂家建议用水或者是水清洗液适宜的清洗，温度应该在 40-60℃左右，在天冷时若清洗液温度低空化效应差，清洗效果也会变差。所以有部分清洗机在清洗缸外边绕上加热电热丝进行温度控制。温度升高后空化就容易发生，因此清洗效果会更好。
第四，清洗件处理，超声清洗机需要考虑因素是清洗件的上，下料，放置清洗件的工装的设计。清洗件在超声清洗槽内的时候，无论是清洗件还是清洗件篮都不能触及槽底。清洗件总的横截面积不应该超过横截面积的 70% 。绝缘的清洗件也应该引起特别的注意。工装篮设计的不当，或者是所盛工件太重，即使是很好的超声清洗系统，这样效率也会被大大的降低。
第五，清洗零件的位置的确定 ，一般的清洗液液面会高于振动子表面 100mm 以上为理想状态。由于单频清洗机受驻波场的影响，波节处振幅就会很小。但是波幅处振幅大造成清洗不均匀，因此较合适选择清洗物品位置应放在波幅处。
另外超声波频率也是决定清洗效果的一种因素，一般市面上的28KHz-128KHz之间的超声波清洗设备主要是用在清洗流水线上，这个清洗时间又得看清洗工序有几个，如果选择全自动超声波清洗机来进行整个清洗工序，那也是一个可行的办法，这样是比人工清洗的效率更高，清洗洁净程度也相对会更干净。而40KHz以下的换能器主要用于五金类、金属类的一些零配件，比较广泛的被应用于铁道行业、航天航空、轮船、汽车等行业，这些行业零配件往往污垢油脂比较厚重、外表比较粗糙，所以需要强度比较大的低频换能器，清洗时间普遍是20-30分钟左右。而一些精密光学零件都是采用高频换能器，高频的超声波清洗机价格比低频的价格是相对比较高的。像实验室、医学研究等场所，其清洗物件都比较精密细致，震动强度不宜太大，一般选择40KHz或者更高频率的超声波清洗机，一般是5-30分钟不等的清洗时间。
再者洗净时间的长短还与清洗剂有关，对于一些化学污垢，需要添加清洗剂来产生化学反应，从而达到*清洗，如果清洗剂选的不对，超声波清洗机运作到报废也洗不干净的。所以清洗不干净一般也不是超声波清洗机的错，毕竟超声波清洗机起到的只是物理上的清洗作用。